Shinichi Kudou, seorang siswa SMA dengan bakat luar biasa dalam pekerjaan detektif, terkenal karena telah memecahkan beberapa kasus yang menantang. Suatu hari, ketika Shinichi melihat dua pria yang mencurigakan dan memutuskan untuk mengikuti mereka, dia secara tidak sengaja menjadi saksi aktivitas ilegal yang mengganggu. Sayangnya, dia tertangkap basah, sehingga orang-orang memberinya obat percobaan yang diformulasikan oleh organisasi kriminal mereka, meninggalkannya sampai mati. Namun, yang membuatnya heran, Shinichi hidup untuk melihat hari lain, tetapi sekarang dalam tubuh seorang anak berusia tujuh tahun.
Dengan sempurna mempertahankan kecerdasan aslinya, dia menyembunyikan identitas aslinya dari semua orang, termasuk teman masa kecilnya Ran Mouri dan ayahnya, detektif swasta Kogorou Mouri. Untuk tujuan ini, ia mengambil alias Conan Edogawa, terinspirasi oleh penulis misteri Arthur Conan Doyle dan Ranpo Edogawa.
Detektif Conan mengikuti Shinichi yang, sebagai Conan, mulai secara diam-diam memecahkan kasus senior Mouri dari belakang layar dengan keterampilan detektifnya yang masih luar biasa, sementara secara diam-diam menyelidiki organisasi yang bertanggung jawab atas keadaannya saat ini, berharap untuk membalikkan efek obat suatu hari nanti.
