Cerita bermula ketika Satou Kazuma, seorang pemuda yang merupakan hikikomori, meninggal dunia akibat kejadian yang sangat konyol dan memalukan.
Sebelum masuk dunia afterlife, Kazuma bertemu dengan seorang goddess bernama Aqua.
Goddess cantik tersebut menawarkan Kazuma bereinkarnasi ke sebuah dunia fantasi bergenre MMORPG dimana Kazuma bisa berpetualang selayaknya hero dalam game.
Aqua juga menawarkan beberapa ultima godly weapon pada Kazuma untuk dibawa ke dunia selanjutnya, namun Kazuma malah memilih Aqua untuk dibawa ke dunia selanjutnya.
Meskipun protes keras, Aqua dan Kazuma akhirnya sukses dikirim ke dunia MMORPG.
Dari sinilah cerita KonoSuba bergulir.